Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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- a -

• Aa() : pappso::Aa
• aa : pappso::specpeptidoms::SpOMSAa
• aa_indice : pappso::specglob::TheoreticalPeakDataPoint
• AaBase() : pappso::AaBase
• AaCode() : pappso::AaCode
• aaCodeList : pappso::specself::SelfSpectrumDataPoint
• AaFactorMap : pappso::XtandemHyperscore, pappso::XtandemHyperscoreBis
• AaIntMap : pappso::AaBase
• AaMassMap : pappso::AaBase
• AaModification : pappso::AaBase, pappso::AaModification
• AaStringCodec() : pappso::AaStringCodec
• AaStringCodeMassMatching() : pappso::AaStringCodeMassMatching
• aboveThreshold : pappso::spectree::SpecTree::MapSimilarityCount, pappso::spectree::SpecTree::MapSimilarityCountElement
• accept() : pappso::BafAsciiMsRunReader, pappso::MsRunDataSetTree, pappso::MsRunDataSetTreeNode, pappso::MsRunReader, pappso::MzcborMsRunReader, pappso::PwizMsRunReader, pappso::TimsMsRunReaderBase, pappso::TimsMsRunReaderMs2, pappso::TimsMsRunReaderMs2Selected, pappso::XyMsRunReader
• acceptMsLevel() : pappso::MsRunReadConfig
• acceptRetentionTimeInSeconds() : pappso::MsRunReadConfig
• accession : pappso::cbor::mzcbor::CvParam, pappso::cbor::psm::MzIdentMlReader::CvParam, pappso::cbor::psm::MzIdentMlReader::MzidDBSequence, pappso::cbor::psm::PsmCborUtils::PsmProteinRef, pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase::PsmProteinRef
• accumulateIntensity() : pappso::TimsDataFastMap
• accumulation_time : pappso::TimsFrameRecord
• acquireDevice() : pappso::BafAsciiMsRunReader, pappso::MsRunReader, pappso::MzcborMsRunReader, pappso::PwizMsRunReader, pappso::TimsMsRunReaderBase, pappso::TimsMsRunReaderDia, pappso::TimsMsRunReaderMs2, pappso::XyMsRunReader
• acquireSlices() : pappso::MsRunXicExtractorDisk
• action() : pappso::masschroq::JsonInput
• add() : pappso::GrpMapPeptideToSubGroupSet, pappso::GrpSubGroupSet
• addAa() : pappso::PeptideFixedModificationBuilder, pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• addAaModification() : pappso::Aa, pappso::AaCode, pappso::Peptide
• addAaModificationOnAllAminoAcid() : pappso::Peptide
• addAaPosition() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• addAlignedPeakMeasurement() : pappso::masschroq::Peptide
• addAlignedPeptideObservation() : pappso::masschroq::Peptide
• addAll() : pappso::GrpPeptideSet, pappso::GrpSubGroupSet
• addBarsPlot() : pappso::BaseTracePlotWidget
• addColorMap() : pappso::BaseColorMapPlotWidget
• addDataPointRefByExclusion() : pappso::FilterChargeDeconvolution
• addDataPointToList() : pappso::FilterChargeDeconvolution
• addDataSetQualMassSpectraInsideDtOrRtRange() : pappso::MsRunDataSetTree
• addDataSetTreeNodesInsideDtOrRtRange() : pappso::MsRunDataSetTree
• addEvalDoubleVector() : pappso::cbor::psm::PsmNewEval
• addExclusionMap() : pappso::FilterRemoveC13
• addFilter() : pappso::FilterSuiteString
• addFilterFromString() : pappso::FilterSuiteString
• addFixedAaModification() : pappso::PeptideBuilder
• addFixedCterModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• addFixedModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• addFixedNterModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• addGraphPlot() : pappso::BaseTracePlotWidget
• addGroup() : pappso::GrpGroup
• addInGroup() : pappso::TimsDiaSlices::MsMsWindowGroupList
• addIsotopeCount() : pappso::ChemicalFormula
• addIsotopeNumberCount() : pappso::ChemicalFormula
• addItemCart() : pappso::spectree::BucketClustering
• addition() : pappso::XicCoord, pappso::XicCoordTims
• addLabeledModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• addLocation() : pappso::specpeptidoms::LocationSaver
• addMassDelta() : pappso::QCPSpectrum
• addMassSpectrum() : pappso::MsRunDataSetTree
• addMbrPeptideMeasurementsSp2XicCoordList() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• addModificator() : pappso::PeptideModificatorTee
• addMs1IsotopePattern() : pappso::QCPSpectrum
• addMsMsEvent() : pappso::QCPXic, pappso::XicWidget
• addMsRunXicCoordCharge() : pappso::masschroq::Peptide
• addNewNode() : pappso::spectree::SpecTree
• addObservation() : pappso::masschroq::PeptideObservation
• addObservedChargeState() : pappso::masschroq::Peptide
• addObservedInMsRunSp() : pappso::masschroq::Peptide
• addPeakIonIsotopeMatch() : pappso::QCPSpectrum
• addPeaks() : pappso::specpeptidoms::CorrectionTree
• addPeptideAsSeamark() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• addPeptideObservation2XicCoordList() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• addPeptideScanNumberObservation() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• addPeptideSpectrumIndexObservation() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• addPoint() : pappso::IntegrationScopeRhomb
• addPostGroupingGrpProteinSpRemoval() : pappso::GrpExperiment
• addPotentialCterModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• addPotentialModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• addPotentialNterModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• addPreGroupingGrpProteinSpRemoval() : pappso::GrpExperiment
• addPsmEvalVectorDouble() : pappso::cbor::psm::CborScanMapBase
• addSubGroupSp() : pappso::GrpExperiment, pappso::GrpGroup
• addSupportedPeak() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• addXicFilter() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• addXicP() : pappso::QCPXic
• addXicPeakList() : pappso::QCPXic, pappso::XicWidget
• addXicSp() : pappso::XicWidget
• afterLayoutSignal() : pappso::BasePlotWidget
• afterReplotSignal() : pappso::BasePlotWidget
• align() : pappso::masschroq::MsRunGroup, pappso::MsRunRetentionTime< T >, pappso::specglob::SpectralAlignment
• aligned_rt : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Line
• alignedRetentionTime : pappso::masschroq::Peptide::AlignedPeakPositionElement
• alignedRetentionTimeCenter : pappso::masschroq::Peptide::AlignedPeakPositionElement
• alignment_type : pappso::specglob::AminoAcidModel, pappso::specglob::SpectralAlignmentDataPoint, pappso::specpeptidoms::ScenarioCell
• AlignmentMethod() : pappso::masschroq::AlignmentMethod
• alignRetentionTimeBetweenMsRuns() : pappso::masschroq::MsRunGroup
• allLayerNamesToString() : pappso::BasePlotWidget
• almostEqual() : pappso::Utils
• amino_acid : pappso::specglob::AminoAcidModel
• AminoAcidCharList : pappso::AaBase
• antiAaCodeList : pappso::specself::SelfSpectrumDataPoint
• antiMassDelta : pappso::specself::SelfSpectrumDataPoint
• anythingButDigitDotDash : pappso::Utils
• ApicesSPtr : pappso::FilterLowIntensitySignalRemoval
• append() : pappso::Trace
• appendKey() : pappso::cbor::JsonStreamWriter
• appendPrecursorIonData() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• appendSliceInBuffer() : pappso::MsRunXicExtractorDiskBuffer
• appendSliceOnDisk() : pappso::MsRunXicExtractorDisk
• appendText() : pappso::UiMonitorInterface, pappso::UiMonitorText, pappso::UiMonitorVoid
• appendToFile() : pappso::Utils
• appendToStream() : pappso::MsRunSlice
• appendValue() : pappso::cbor::JsonStreamWriter
• assignResidualMass2Cter() : pappso::specglob::PeptideModel
• asSortedList() : pappso::spectree::BucketClustering
• atRetentionTime() : pappso::Xic
• attributeListToCbor() : pappso::cbor::mzcbor::MzmlConvert
• attributeValueToCbor() : pappso::cbor::mzcbor::MzmlConvert
• AUTO_MAX_BY_PERCENTILE : pappso::LocalSignalToNoiseEstimator
• AUTO_MAX_BY_STDEV : pappso::LocalSignalToNoiseEstimator
• axisDoubleClickHandler() : pappso::BasePlotWidget, pappso::BaseTracePlotWidget
• axisPan() : pappso::BasePlotWidget, pappso::BaseTracePlotWidget
• axisReframe() : pappso::BasePlotWidget, pappso::BaseTracePlotWidget
• axisRescale() : pappso::BasePlotWidget, pappso::BaseTracePlotWidget
• axisScale() : pappso::BaseColorMapPlotWidget
• axisZoom() : pappso::BasePlotWidget, pappso::BaseTracePlotWidget